De deelnemers leren werken met het Vlaggensysteem. Dat systeem bepaalt aan de hand van objectieve criteria wanneer gedrag grensoverschrijdend is en hoe ernstig de grensoverschrijding is. Aan het gedrag worden vlaggen toegekend die gaan van groene vlag (normaal gedrag) over geel en rood naar zwarte vlag (zwaar grensoverschrijdend gedrag, seksueel misbruik). Bij het systeem hoort een methode van pedagogisch reageren. Ook daar zit een gradatie in, gekoppeld aan de ernst van het gestelde gedrag.
Het Werkboek Vlaggensysteem is een aanvulling van de basisversie om de methodiek te kunnen gebruiken bij kinderen en jongeren met specifieke ontwikkelingsaspecten. In concreto gaat het over de doelgroep met beperkingen, met een andere culturele achtergrond, met een niet heteroseksuele identiteit en met trauma. Deze studiedag biedt een introductie in dit nieuwe materiaal.